Descripción
Más de 60 recetas para modelar y manejar datos biológicos de la vida real utilizando librerías modernas del ecosistema R
Características principales:
- Aplicar paquetes R modernos para manejar datos biológicos usando ejemplos del mundo real.
- Representar datos biológicos con visualizaciones avanzadas adecuadas para investigación y publicaciones.
- Manejar problemas del mundo real en bioinformática como la secuenciación de próxima generación, la metagenómica y la automatización de análisis.
Descripción del libro:
Manejar datos biológicos de manera efectiva requiere un conocimiento profundo de las técnicas de aprendizaje automático y las habilidades computacionales, junto con una comprensión de cómo usar herramientas como edgeR y DESeq. Con R Bioinformatics Cookbook, explorarás todo esto y más, abordando desafíos comunes y no tan comunes en el dominio de la bioinformática usando ejemplos del mundo real.
Este libro utilizará un enfoque basado en recetas para mostrarte cómo realizar investigaciones y análisis prácticos en biología computacional con R. Aprenderás a analizar tus datos de manera efectiva con las últimas herramientas en Bioconductor, ggplot y tidyverse. El libro te guiará a través de las herramientas esenciales en Bioconductor para ayudarte a comprender y llevar a cabo protocolos en RNAseq, filogenética, genómica y análisis de secuencias. A medida que avances, te familiarizarás con cómo las técnicas de aprendizaje automático pueden ser utilizadas en el dominio de la bioinformática. Desarrollarás gradualmente habilidades computacionales clave, como la creación de flujos de trabajo reutilizables en R Markdown y paquetes para la reutilización de código.
Al final de este libro, habrás adquirido una sólida comprensión de las técnicas más importantes y ampliamente utilizadas en el análisis bioinformático y las herramientas que necesitas para trabajar con datos biológicos reales.
Lo que aprenderás:
- Emplear Bioconductor para determinar expresiones diferenciales en datos de RNAseq.
- Ejecutar SAMtools y desarrollar pipelines para encontrar polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) e Indels.
- Usar ggplot para crear y anotar una variedad de visualizaciones.
- Consultar bases de datos externas con Ensembl para encontrar información de genómica funcional.
- Ejecutar alineamiento de secuencias múltiples a gran escala con DECIPHER para realizar genómica comparativa.
- Usar d3.js y Plotly para crear gráficos web dinámicos e interactivos.
- Usar k-vecinos más cercanos, máquinas de vectores de soporte y bosques aleatorios para encontrar grupos y clasificar datos.
Para quién es este libro:
Este libro es para bioinformáticos, analistas de datos, investigadores y desarrolladores de R que desean abordar problemas biológicos y bioinformáticos de nivel intermedio a avanzado aprendiendo a través de un enfoque basado en recetas. Se requiere un conocimiento práctico del lenguaje de programación R y un conocimiento básico de bioinformática.
Autor: Dan MacLean
Editorial: Packt Publishing
Publicado: 11/10/2019
Páginas: 316
Tipo de encuadernación: Tapa blanda
Peso: 1.20lbs
Tamaño: 9.25h x 7.50w x 0.66d
ISBN13: 9781789950694
ISBN10: 1789950694
Categorías BISAC:
- Ciencia | Bioinformática
- Informática | Ciencia de datos | General
- Informática | Simulación por ordenador
Este título no es retornable